El virus de la encefalitis japonesa (VEJ) forma parte del género Flavivirus en la familia Flaviviridae y causa encefalitis, principalmente en caballos y en el ser humano. El VEJ también infecta a los cerdos, en los que provoca abortos y mortinatos. El VEJ se mantiene en la naturaleza entre los mosquitos, los cerdos y las aves acuáticas. En la mayor parte de Asia el principal vector del VEJ es Culex tritaeniorhynchus, aunque localmente otras especies pueden ser importantes. Los cerdos actúan como importantes amplificadores del virus, y las aves también pueden participar en su amplificación y propagación en el medio ambiente. La enfermedad se ha observado en gran parte de Asia y, recientemente, en la región del Pacífico occidental. En los caballos, la infección suele ser subclínica. Los caballos afectados muestran signos clínicos que incluyen pirexia, depresión, temblores musculares y ataxia. En los cerdos, pueden producirse abortos y mortinatos cuando las cerdas gestantes resultan infectadas por primera vez con el VEJ. Las cerdas gestantes infectadas no suelen presentar signos clínicos. En varios países asiáticos se comercializan vacunas para el ser humano y los animales.
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