SARS-CoV-2

Le COVID-19 est la maladie causée par le coronavirus (CoV) nommé SARS-CoV-2. Les coronavirus sont appelés ainsi en raison de la présence d’une couronne caractéristique de spicules protéiques entourant leur enveloppe lipidique. Les infections à coronavirus sont fréquentes à la fois chez les animaux et chez l’homme, et certaines souches de coronavirus sont zoonotiques, c’est-à-dire qu’elles sont transmissibles entre les animaux et l’homme.

Chez l’homme, les coronavirus peuvent provoquer des maladies allant du simple rhume à des maladies plus graves telles que le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (causé par le MERS-CoV) ou le syndrome respiratoire aigu sévère (causé par le SARS-CoV). Des enquêtes approfondies ont démontré que le MERS-CoV avait été transmis du dromadaire à l’homme et le coronavirus du SARS de la civette à l’homme.

En 2019, un nouveau coronavirus a été identifié comme l’agent causal de cas humains de pneumonie par les Autorités chinoises. La propagation rapide des cas humains au niveau international a conduit l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) à déclarer le COVID-19 comme pandémie. Des recherches n’ont pas encore permis d’identifier l’origine du virus. Pour des informations actualisées sur la situation concernant la santé humaine, vous pouvez consulter le site Internet de l’OMS.

La pandémie actuelle se poursuit par la transmission interhumaine du SARS-CoV-2.

Des preuves actuelles semblent indiquer que le SARS-CoV-2 est apparu d’une source animale. Les données du séquençage génétique révèlent que les plus proches virus connus du SARS-CoV-2 sont des coronavirus circulant dans des populations de chauves-souris du genre Rhinolophus (rhinolophes). Cependant, à ce jour, il n’existe pas assez de preuves scientifiques pour identifier la source du SARS-CoV-2 ou pour expliquer la voie de transmission originale vers les humains qui serait susceptible d’avoir impliqué un hôte intermédiaire.
Des infections animales par le SARS-CoV-2 ont été signalées chez un certain nombre d’espèces par un certain nombre de pays. Les preuves suggèrent que ces infections ont été introduites à la suite d’un contact avec des humains infectés; voir ici pour plus d’informations.

Il existe peu de preuves que des animaux aient infecté des humains, à l’exception d’incidents isolés dans des élevages de visons où des ouvriers agricoles ont été en contact étroit avec des visons infectés.

Oui, de nombreuses espèces de mammifères ont manifesté une sensibilité au virus après infection expérimentale et en milieu naturel lors de contacts avec des personnes infectées. Il existe également des preuves que des animaux infectés peuvent transmettre le virus à d’autres animaux après contact en milieu naturel, par exemple des transmissions entre visons, de visons à chats et des transmissions entre populations de cerfs de Virginie, y compris des transmissions verticales à leur progéniture.

L’infection des animaux par le SARS-CoV-2 a des répercussions sur la santé animale et humaine, le bien-être des animaux, la protection de la faune sauvage et la recherche biomédicale. Cependant, toutes les espèces ne semblent pas être sensibles au SARS-CoV-2. À ce jour, les résultats des études expérimentales d’infection montrent que les volailles, les porcs et le bétail résistent à l’infection et ne transmettent pas le virus.

Il est possible que nous assistions à des changements dans la sensibilité des différentes espèces animales à l’infection et à la maladie du SARS-CoV-2, à mesure que le virus continue d’évoluer et que de nouveaux variants apparaissent.

Des informations actualisées sur la sensibilité des différentes espèces animales sont disponibles ici.

Bien qu’un grand nombre d’espèces animales aient été infectées par le SARS-CoV-2 avec différentes manifestations cliniques, ces infections ne sont pas le moteur de la pandémie actuelle de COVID-19 qui est due à la transmission interhumaine.

Rien ne prouve que les infections par le SRAS-CoV-2 chez les animaux aient un impact significatif sur la santé humaine, la santé animale ou la biodiversité. Toutefois, il est judicieux de continuer à surveiller les effets potentiels du SARS-CoV-2 à l’interface homme-animal-environnement.

Il existe des inquiétudes concernant l’établissement de réservoirs de SARS-CoV-2 chez les animaux sauvages ou domestiques, ce qui pourrait constituer un risque pour la santé publique et la santé animale. Bien que des populations de visons et de cerfs de Virginie aient été infectés, rien ne prouve qu’un réservoir animal ait été établi. D’autres études seront nécessaires pour évaluer la possibilité de l’établissement d’un réservoir animal et pour évaluer les implications pour la santé humaine et la santé animale.

Il est également possible que le virus évolue par le biais d’infections animales, entraînant l’émergence de nouveaux variants susceptibles de se comporter différemment des souches existantes.

En surveillant les infections par le SARS-CoV-2 chez les animaux et en travaillant en étroite collaboration avec d’autres secteurs (par exemple ceux de la santé publique, de la faune sauvage, de l’environnement), il sera possible d’évaluer les implications des infections animales pour la santé humaine et la santé animale.

De plus amples informations sur les événements de SARS-CoV-2 chez les animaux, signalés par les pays à l’OIE, sont disponibles ici.

Les visons d’élevage sont très sensibles à l’infection par le SARS-CoV-2 et, dans certains cas, ils ont transmis le virus à l’homme. Les résultats de la surveillance au Danemark et aux Pays-Bas montrent que le SARS-CoV-2 introduit dans les populations de visons continue d’évoluer par mutation virale. La mutation virale se produit également dans les infections humaines, mais de nouvelles mutations peuvent être observées lorsque le virus s’adapte à une nouvelle espèce. Des études scientifiques ont confirmé que l’infection par le SARS-CoV-2 a été réintroduite chez l’homme à partir du vison.

L’OMSA reconnaît que de tels événements pourraient avoir d’importantes répercussions sur la santé publique. On craint que l’introduction et la circulation de nouvelles souches de virus chez l’homme n’entraînent des modifications de la transmissibilité ou de la virulence et une diminution de l’efficacité des traitements et des vaccins. Cependant, toutes les conséquences ne sont pas encore connues, et des recherches plus poussées sont nécessaires pour comprendre pleinement l’impact de ces mutations. Pour en savoir davantage, consultez la déclaration de l’OMSA sur le COVID-19 et le vison.

En tant que bonne pratique générale, des mesures de biosécurité appropriées et efficaces devraient toujours être appliquées lorsque des personnes sont en contact avec des groupes d’animaux, par exemple dans les fermes, les zoos, les refuges pour animaux et lors de la manipulation d’animaux sauvages.
Les personnes dont l’infection par le virus du COVID-19 est suspectée ou confirmée doivent éviter les contacts directs étroits avec les animaux, y compris les animaux d’élevage, de zoo ou autres animaux captifs, et la faune sauvage.

Les animaux de compagnie
Il n’existe pas de preuve que les animaux de compagnie jouent un rôle épidémiologique dans la propagation des infections humaines au SARS-CoV-2.

Cependant, comme les animaux et les humains peuvent être affectés par ce virus, il est recommandé aux personnes dont l’infection par le virus du COVID-19 est suspectée ou confirmée d’éviter tout contact étroit avec leurs animaux de compagnie et de faire appel à un autre membre de leur foyer pour s’occuper d’eux. Si ces personnes doivent s’occuper de leurs animaux de compagnie, elles doivent respecter de bonnes pratiques d’hygiène et si possible porter un masque facial. Les animaux appartenant à des propriétaires infectés par le virus du COVID-19 doivent rester à l’intérieur conformément aux recommandations similaires de confinement pour l’homme applicables dans le pays ou la région. Il n’est pas justifié de prendre des mesures qui pourraient compromettre le bien-être des animaux de compagnie.

En tant que bonne pratique générale, des mesures d’hygiène de base doivent toujours être appliquées lorsque l’on manipule ou prodigue des soins aux animaux. Cela comprend le lavage des mains avant et après avoir été à proximité ou avoir manipulé les animaux, leur nourriture ou leurs affaires, ainsi que d’éviter de les embrasser, de se faire lécher ou de partager de la nourriture.
 
Animaux d’élevage
La manipulation d’animaux d’élevage sensibles à l’infection par le SARS-CoV-2 peut comporter des risques supplémentaires lorsqu’un grand nombre d’animaux sont élevés en contact rapproché.

Les stratégies de gestion des risques dépendent de l’espèce et des circonstances dans lesquelles les animaux vivent et sont soignés. Pour de plus amples recommandations, veuillez vous référer aux lignes directrices spécifiques de l’OMSA.

Faune sauvage
Une grande variété d’espèces de mammifères peut être sensible à l’infection par le SARS-CoV-2. L’OIE a élaboré des lignes directrices à l’intention des personnes travaillant sur le terrain dans le domaine de la faune sauvage afin de minimiser le risque de transmission du SARS-CoV-2.

Des recherches scientifiques récentes ont montré une forte prévalence de l’infection par le SARS-CoV-2 au sein des populations de cerfs de Virginie en Amérique du Nord. C’est la première fois que le virus est détecté chez des populations d’animaux sauvages. Cette découverte nécessite des recherches plus approfondies pour déterminer si le cerf de Virginie est susceptible de devenir un réservoir de SARS-CoV-2 et pour évaluer d’autres implications en matière de santé animale ou publique. Bien qu’il n’existe actuellement aucune preuve de la transmission du SARS-CoV-2 du cerf de Virginie à l’homme, il semble que le virus ait été introduit à plusieurs reprises par l’homme dans les populations de cerfs de Virginie. Dans les zones forestières, il faut éviter de laisser des déchets d’origine humaine ou des objets susceptibles d’être ingérés ou touchés par les animaux sauvages.

Bien qu’il existe une incertitude quant à l’origine du SARS-CoV-2, conformément aux recommandations de l’OMS, il convient d’appliquer des mesures d’hygiène générales lors de la visite des marchés vendant des animaux vivants, de la viande crue et/ou des produits d’origine animale. Il faut notamment se laver les mains régulièrement avec du savon et de l’eau potable après avoir touché des animaux ou des produits d’origine animale, ainsi qu’éviter de se toucher les yeux, le nez et la bouche. Des précautions doivent être prises pour éviter tout contact avec des animaux malades, des produits d’origine animale avariés, d’autres animaux présents sur le marché (tels que chats et chiens errants, rongeurs, oiseaux, chauves-souris) et des déchets ou fluides d’origine animale sur le sol ou les surfaces des installations du marché. Les recommandations standard émises par l’OMS pour prévenir la propagation de l’infection chez l’homme comprennent le lavage régulier des mains, le fait de se couvrir la bouche et le nez avec le coude lorsqu’on tousse et qu’on éternue, et celui d’éviter les contacts étroits avec toute personne présentant des symptômes de maladie respiratoire tels que la toux et l’éternuement. D’autres recommandations de l’OMS peuvent être consultées ici.

Conformément aux bonnes pratiques générales d’hygiène alimentaire, la viande, le lait ou les produits d’origine animale crus doivent être manipulés avec précaution, en particulier pour éviter toute contamination croisée potentielle entre les aliments crus et les aliments prêts à consommer. La viande et les produits à base de viande, ainsi que le lait et les produits laitiers provenant d’animaux sains, qui sont préparés et servis conformément aux principes de bonne hygiène et de sécurité alimentaire, restent propres à la consommation.

La Commission du Codex Alimentarius a adopté plusieurs lignes directrices pratiques sur l’application et la mise en œuvre des meilleures pratiques pour garantir l’hygiène alimentaire ,  qui peuvent être consultées sur le site Internet du Codex.

Les services vétérinaires doivent travailler étroitement avec les autorités de santé publique ainsi qu’avec celles en charge de la faune sauvage, en utilisant une approche « Une seule santé » pour partager les informations et coopérer dans leur réponse au COVID-19. Une étroite collaboration entre les autorités de santé animale et publique est impérative pour mieux identifier et réduire l’impact de cette maladie.

Une collaboration étroite entre différents secteurs, notamment la santé animale, la santé publique, les autorités en charge de la faune sauvage, l’environnement et le monde universitaire, sera nécessaire pour mieux comprendre les implications à court, moyen et long terme du SARS-CoV-2 à l’interface homme-animal-environnement.

Dans certains pays, les Services vétérinaires soutiennent les fonctions essentielles de la réponse de santé publique, telles que le dépistage et l’analyse des échantillons de surveillance et de diagnostic prélevés sur l’homme. Les lignes directrices de l’OMSA sur l’appui des laboratoires vétérinaires à la réponse de santé publique au COVID-19 sont disponible ici. Les cliniques vétérinaires de certains pays ont également apporté leur soutien à la réponse de santé publique en faisant don de matériel essentiel tel que des équipements de protection individuelle et des respirateurs.
Les services vétérinaires doivent être considérés comme des services essentiels. Les autorités nationales peuvent plaider en ce sens dans le cadre des plans et opérations d’intervention pour lutter contre le COVID-19, afin d’assurer un continuum dans les activités liées à la santé animale, au bien-être animal et à la santé publique vétérinaire, dans le cadre de protocoles appropriés.

Les Services vétérinaires doivent protéger la santé et le bien-être des animaux, et par conséquent la santé publique, en mettant en œuvre des mesures efficaces de gestion des risques pour prévenir la transmission du SARS-CoV-2 entre l’homme et les animaux sensibles.

Il est important de surveiller les animaux sensibles, tels que les visons, les chiens viverrins et les cerfs de Virginie, ainsi que les personnes qui sont en contact étroit avec eux, pour détecter une éventuelle infection par le SARS-CoV-2. Une surveillance active est recommandée car il est difficile de détecter les infections précoces chez ces animaux. Vous trouverez de plus amples informations dans la déclaration de l’OIE sur le suivi du SARS-CoV-2 chez le cerf de Virginie.

Lorsqu’une personne infectée par le virus du COVID-19 déclare avoir été en contact avec des animaux, une évaluation conjointe des risques doit être effectuée par les services vétérinaires et de santé publique. Si la décision de tester des animaux est prise à la suite de cette évaluation des risques, il est recommandé d’utiliser la RT-PCR pour tester des échantillons buccaux, nasaux et/ou fécaux/rectaux. L’évaluation des risques peut également recommander de procéder à un séquençage complet du génome du virus isolé chez les animaux. Des mesures doivent être prises pour éviter la contamination des échantillons par l’environnement ou par l’homme.

Les animaux qui ont été testés positifs au SARS-CoV-2 doivent être tenus à l’écart des animaux sensibles non exposés.  Pour de plus amples recommandations, se référer aux lignes directrices de l’OIE pour les personnes travaillant avec des animaux d’élevage sensibles, ainsi qu’avec des mammifères sauvages à l’époque de la pandémie de COVID-19.

L’infection d’animaux par le virus COVID-19 remplit les critères de maladie émergente. Ainsi, toute infection [ou cas d’infection] d’animaux par le SARS-CoV-2 doit être communiquée via le Système mondial d’information sanitaire (WAHIS), conformément au Code sanitaire pour les animaux terrestres de l’OMSA.

Les pays sont également incités à partager les données de séquençage génétique du SARS-CoV-2 isolés chez des animaux et d’autres résultats au sein de la communauté sanitaire mondiale.

Sur la base des informations disponibles actuellement, et avec l’appui de groupes consultatifs d’experts, l’OMSA ne recommande pas de mettre en œuvre de quelconques mesures sanitaires liées au COVID-19 concernant les mouvements internationaux d’animaux vivants ou de produits d’origine animale sans une analyse justifiée des risques. Les principes de gestion des risques fondés sur des données probantes devraient être appliqués aux mouvements internationaux d’animaux vivants et de produits d’origine animale sensibles à l’infection par le SARS-CoV-2. L’évaluation et la mise en œuvre de la gestion des risques pour la sécurité des échanges commerciaux doivent suivre les normes internationales de l’OIE, notamment pour l’analyse des risques, la prévention et le contrôle des maladies, les mesures commerciales, les procédures d’importation et d’exportation et la certification vétérinaire. Les précautions relatives aux matériaux d’emballage ne sont pas indiquées comme allant au-delà de l’application de principes rigoureux de salubrité de l’environnement, d’hygiène personnelle et de pratiques d’hygiène alimentaire établies.

Les rapports du Groupe ad hoc sur le COVID-19 et la sécurité des échanges commerciaux d’animaux et de produits d’origine animale peuvent être consultés ici, et les Considérations de l’OMSA sur l’application de mesures sanitaires pour les commerce international liées au Covid-19 peuvent être consultées ici.

L’OMSA est en contact avec ses bureaux régionaux et sous-régionaux, les Délégués de l’OMSA de Pays membres, le Groupe de travail sur la faune sauvage ainsi qu’avec la FAO et l’OMS, en vue de recueillir et de partager les dernières informations disponibles. L’OMSA est en relation étroite avec son réseau d’experts participant aux enquêtes actuelles sur la source de la maladie. Les rumeurs ainsi que les informations non officielles font également l’objet d’un suivi quotidien.

L’OMSA a mobilisé plusieurs groupes d’experts (« groupes ad hoc ») pour fournir un avis scientifique sur les priorités en termes de recherche, sur la recherche actuelle, et sur d’autres conséquences du COVID-19 sur la santé animale et la santé publique vétérinaire, notamment l’évaluation, la gestion et la communication des risques. Plusieurs lignes directrices élaborées par l’OMSA et son réseau d’experts sont disponibles ici.

Compte tenu des similitudes entre le COVID-19 et l’émergence de nouvelles maladies zoonotiques à l’interface homme-animal, l’OMSA travaille avec son Groupe de travail sur la faune sauvage et d’autres partenaires pour développer un programme de travail à long terme visant à mieux comprendre la dynamique et les risques autour du commerce et de la consommation d’animaux sauvages, avec pour objectif de développer des stratégies visant à réduire le risque de futurs épisodes de transmission.

L’OMSA étudie également les leçons tirées du COVID-19 pour renforcer sa résilience institutionnelle face aux crises internationales. À cette fin, l’OMSA a entrepris deux revues après action et a lancé un axe de travail visant à renforcer la résilience institutionnelle face à toutes les menaces (quelle qu’en soit la cause).